《超次元游戏 海王星》的故事发生在 Gamindustri 世界，这里由四个王国组成，分别是 Planeptune、Lowee、Leanbox 和 Lastation，每个王国都由一位掌管游戏产业的女神统治。主角涅普姬雅是 Planeptune 的女神，昵称涅普，性格天真烂漫、贪吃又迷糊。 一天，邪恶组织 CPU 杀手出现，企图破坏世界的游戏产业平衡。涅普姬雅和她的朋友们，包括 Lowee 的女神诺瓦露、Leanbox 的女神白娅、Lastation 的女神维塔，一同踏上了对抗邪恶的征程。在冒险中，她们会进行各种战斗，还会遇到各种有趣的角色，比如涅普的妹妹诺姆。她们在战斗之余，也会有许多轻松搞笑的日常，像一起去逛街、品尝美食等。最终，她们凭借着勇气和友情，一次次化解危机，守护了 Gamindustri 世界的和平与游戏产业的繁荣。